單位共設2個內設機構，分別為綜合管理科和防災減災科；設2個直屬業務單位，分別為泗陽縣氣象臺和泗陽縣氣象災害防御技術中心。單位共9個編制，參照公務員法管理編制4名，國家氣象系統事業編制5名。