縣供銷合作總社機關設4個內設機構。

（一）辦公室

負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔新聞宣傳、政（社）務公開、信息、信訪、保密等工作；負責機關日常工作的協調和督辦；承擔機關接待、后勤和節能減排工作；負責機關機構編制、人事管理、教育培訓、勞動工資等工作。

承擔全縣供銷合作社代表大會及其理事會、監事會的有關組織人事工作。負責縣總社監事會的日常工作，指導鄉鎮基層社監事會工作。

（二）發展規劃科（掛電子商務科牌子）

擬訂系統發展規劃及年度工作計劃并組織實施；組織指導新農村現代流通網絡建設、系統電子商務建設；推動系統開展土地托管等多種形式的社會化服務，提出政策支持建議；承擔系統綜合業績考核工作；負責系統項目投資管理、質量安全、統計、外事、經貿工作；承擔對縣供銷合作總社主管社團的組織協調、業務指導和監督管理等工作。對重要農業生產資料、重要農產品及其他商品的生產、經營、儲備進行組織、協調和管理。

擬定全縣供銷社電子商務發展規劃和計劃并組織實施，引導全系統電子商務健康發展；協調指導培訓電子商務企業和從業人員，推動電子商務平臺的建設和維護;電商數據統計、信息收集發布、創業輔導、鄉鎮服務站點的協調、指導、監管工作。

（三）合作事業科

組織指導基層社、綜合服務社建設，引導成員社發展農民專業合作聯合社、以農民為主體的綜合性合作社、現代農業綜合服務中心；參與發展農村合作金融服務；負責系統農產品市場建設及產銷對接、農產品經紀人隊伍建設；統一推廣使用和規范管理中國供銷合作社標識。

（四）財會審計科(掛資產管理科牌子)

編制縣總社預決算和管理預算執行；編報系統財務會計報表，編寫財務分析、預測經營發展趨勢；承擔對直屬單位資產審計監督和重大財務收支、經濟效益的審計調查工作；承辦供銷社改革發展項目專項資金申報和評審考核；負責機關財務管理工作。

擬訂社有資產保值增值考核、激勵和責任追究制度，并執行監督；承擔縣級社有產權、股權和債權的管理工作；擬訂社有資產重組、整合的指導意見；負責縣級投資項目的可行性研究和論證；管理縣級投資企業，推進現代企業制度建設；負責縣級投資企業負責人的經營考核和薪酬分配工作；負責系統社有企業轉型升級、創新發展工作。